Παρά τις αυξημένες πωλήσεις και τα κέρδη η Κολιός αντιμετωπίζει αρκετά οικονομικά προβλήματα, καθώς ο τραπεζικός της δανεισμός ανέρχεται σε 43,44 εκατ. ευρώ, ενώ για την εξασφάλιση των δανείων της στις τράπεζες Εθνική, Alpha, Πειραιώς, Attica και Eurobank και οφειλών σε άλλους πιστωτές υφίσταντο επί παγίων της εμπράγματα βάρη συνολικού ποσού 52,58 εκατ. ευρώ. Επίσης, επί κινητών περιουσιακών στοιχείων της είχαν παρασχεθεί εγγυήσεις 23 εκατ. ευρώ.
Η βιομηχανία το 2016, κατέγραψε πωλήσεις αυξημένες σε σχέση με το 2015 κατά 5,3% , οι οποίες ανήλθαν στα 94,43 εκατ. ευρώ. Από την ελληνική αγορά άντλησε το 43,1% των εσόδων της (40,69 εκατ. ευρώ), δεδομένου ότι το 56,9% (53,74 εκατ. ευρώ) προήλθε από εξαγωγές τυριών και γιαουρτιών της σε άλλες ευρωπαϊκές αγορές (46,52 εκατ. ευρώ) και αγορές τρίτων χωρών (7,22 εκατ. ευρώ). Οι συνολικές εξαγωγές αυξήθηκαν κατά 9,2%, ενώ η αύξηση των πωλήσεων στην ελληνική αγορά ήταν 0,5%.Τα προ φόρων κέρδη της διαμορφώθηκαν στα 2,18 εκατ. ευρώ έναντι κερδών 0,60 εκατ. ευρώ το 2015.
Σύμφωνα με την έκθεση του ορκωτού ελεγκτή - λογιστή, οι βραχυπρόθεσμες τραπεζικές υποχρεώσεις εμφάνιζαν υπόλοιπο μικρότερο κατά 1,56 εκατ. ευρώ από το αναγραφόμενο σε επιβεβαιωτική επιστολή Τράπεζας, που όμως η εταιρεία θεωρεί μονομερή καταλογισμό τόκων. Ακόμη, δεν είχαν λογιστικοποιηθεί πιθανές υποχρεώσεις προς Τράπεζες από δοθείσες εγγυήσεις υπέρ της κηρυχθείσας το 2014 σε πτώχευση θυγατρικής γαλακτοβιομηχανίας ΑΓΝΟ, αξίας 22,55 εκατ. ευρώ, καθώς η εταιρεία δεν αναγνωρίζει τη νομιμότητά τους. Τέλος, δεν είχαν σχηματιστεί προβλέψεις για αγωγές συνολικού ποσού 22,21 εκατ. ευρώ από πρώην εργαζόμενους και γαλακτοπαραγωγούς-συνεργάτες της ΑΓΝΟ, καθώς η εταιρεία θεωρεί ότι όλες οι αγωγές θα απορριφθούν, όπως έγινε με όσες έχουν έως τώρα κριθεί.
Τέλος επισημαίνεται ότι στο κυκλοφορούν ενεργητικό της συμπεριλαμβανόταν απαίτηση ποσού 1,48 εκατ. ευρώ, που είχε δοθεί σε διοικητικά στελέχη της για διεκπεραίωση εταιρικών υποθέσεων και αντίκειται στις διατάξεις του άρθρου 23α του ν. 2190/1920.